Ngày 22 tháng 5 năm 2016, Nguyễn Chí Dũng trúng cử Đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa 14 tại đơn vị bầu cử số 2 tỉnh Quảng Trị gồm có thành phố Đông Hà, thị xã Quảng Trị và các huyện Triệu Phong, Hải Lăng,[10] được 177.773 phiếu, đạt tỷ lệ 84,02% số phiếu hợp lệ.[11]

Đề nghị giao đất 99 năm cho nhà đầu tư

Ngày 28 tháng 5 năm 2018, tại kì họp thứ 5 Quốc hội khóa 14, khi thảo luận về Dự thảo Luật đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt Vân Đồn, Bắc Vân Phong, Phú Quốc, Nguyễn Chí Dũng đề nghị cho phép giữ nguyên quy định giao đất 99 năm cho nhà đầu tư dù có nhiều đại biểu phản đối ở nghị trường Quốc hội. Ông cho rằng đây là chính sách vượt trội mà một số nước đã thực hiện như đảo British Virgin Islands, UAE, Malaysia.[12] Lúc này, Nguyễn Chí Dũng đang là Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Việt Nam, đơn vị chủ trì xây dựng dự án Luật Đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt.[13] 3 giờ sáng ngày 9 tháng 6 năm 2018, Chính phủ Việt Nam thông báo đã đề nghị Quốc hội Việt Nam lùi việc thông qua dự án luật này sang kì họp thứ 6 Quốc hội khóa 14.[13]